Harry Potter passe l'été chez les Dursley. Il guette tous les jours les informations des moldus, à la recherche d'indices pouvant trahir les éventuels agissements de Voldemort. Un soir, il se fait attaquer avec Dudley Dursley par deux détraqueurs. Harry réussit à les les repousser en faisant apparaître son patronus en forme de cerf, mais l'usage de la magie pendant les vacances lui étant interdit, il reçoit une convocation disciplinaire par le ministère de la magie.
Peu de temps après cet incident, des aurors viennent chercher Harry pour l'emmener au "Quartier général de l'Ordre du phénix", qui est une organisation crée par Albus Dumbledore. Harry y passera le reste de ses vacances, avec Hermione et Ron. Harry y rencontre Tonks et Shacklebolt. Harry apprend alors que les membres de l'Ordre essaient d'éveiller les consciences et faire comprendre au monde des sorciers que Voldemort est de retour. De plus, il apprend que les membres de l'Ordre pensent que Voldemort est à la recherche une arme qu'il n'avait pas la dernière fois.
Harry se rend au ministère de la magie pour son audience disciplinaire. Les charges pesant contre lui sont finalement abandonnées, grâce au témoignage de Mrs Figg, qui avait assisté à la scène, et au soutien d'Albus Dumbledore.
Hermione et Ron apprennent qu'ils sont nommés préfets à Poudlard.
De retour à Poudlard, Harry doit affronter les nombreux élèves qui pensent qu'il ment en affirmant que Voldemort est de retour. Les élèves découvrent que Dolores Ombrage, sous-secrétaire d'état du ministre et personne ayant assistée à l'audience de Harry, est le nouveau professeur de défense contre les forces du mal. En cours, Ombrage refuse de laisser ses élèves pratiquer la magie, ne leur faisant étudier que la théorie (dans les livres), ce qui révolte Hermione et Harry. Harry reçoit des nombreuses heures de colle de Ombrage, notamment parce qu'il s'énerve contre cette dernière, et affirme que Voldemort est de retour. Le ministère passe des nouveaux décrets concernant Poudlard, ce qui semble être un moyen pour prendre le contrôle de l'école. Ainsi, Ombrage est nommée Grande Inquisitrice de Poudlard, et procède à des inspections des différents professeurs.
Hermione a l'idée de mettre en place un club, nommé l'Armée de Dumbledore (AD) pour apprendre et surtout pratiquer la défense contre les forces du mal. Elle suggère que Harry soit leur professeur. Une trentaine d'élèves se réunissent donc régulièrement dans la Salle sur Demande, une salle magique qui se transforme à volonté et dont Harry en est le chef.
Arthur Weasley, le père de Ron, est attaqué par un serpent contrôlé par Voldemort. Au même moment, à Poudlard, Harry rêve qu'il est lui-même le serpent, et voit la scène à travers l'œil de ce dernier. Harry se sent un peu coupable d'avoir "été" le serpent, mais sa vision permet à l'Ordre de secourir Arthur. Cependant, au cours de cet évènement, Voldemort se rend compte du fait que Harry peut facilement accéder à ses pensées (selon Rogue, Voldemort possédait le serpent au moment de l'attaque, c'est pourquoi Harry voit à travers les yeux du serpent), et devine que le phénomène peut fonctionner dans le sens inverse.
Dès lors, Voldemort fait tout pour leurrer Harry et l'amener à se rendre dans le hall des prophéties situé dans le département des mystères au ministère. Il lui envoie ainsi des visions. Cependant, Dumbledore a deviné que Voldemort tenterait d'utiliser Harry. Il demande donc à Severus Rogue de donner des cours d'occlumancie à Harry, pour lui permettre de fermer son esprit et ainsi de rompre la connexion qui existe entre son esprit et celui du Seigneur des Ténèbres. Mais l'animosité de Harry envers Rogue, et la haine réciproque que ce dernier lui porte, font que Harry n'arrive jamais à maîtriser ses émotions et à fermer son esprit.
Vers la fin de l'année, Marietta Edgecombe, une amie de Cho Chang, trahit l'Armée de Dumbledore en révélant à Ombrage l'existence de ce groupe. Harry et d'autres membres de l'A.D sont capturés et interrogés en présence de Dumbledore qui se sert du nom du groupe pour se rendre coupable ; cela permet à Harry et aux autres membres de ne pas se faire expulser de Poudlard. Dumbledore doit alors s'enfuir pour ne pas être envoyé à Azkaban. Ombrage prend sa place et devient la directrice de Poudlard.
Lors des examens de fin d'année, alors qu'il passe son BUSE (Brevet Universel de Sorcellerie Élémentaire) d'histoire de la magie, Harry a une vision. Il se voit pénétrer dans le département des mystères, puis dans le hall des prophéties, et y voit Sirius Black, torturé par Voldemort. Il tente aussitôt d'avertir l'Ordre, en utilisant la cheminée d'Ombrage pour contacter Sirius dans la maison des Black, mais il tombe sur Kreattur, qui lui affirme que Sirius n'est pas dans la maison.
Harry décide alors de partir au secours de Sirius. Ron, Hermione, Neville, Ginny et Luna décident de l'accompagner. Pour se rendre au ministère de la magie, Harry trouve a l'idée d'utiliser les sombrals de la forêt interdite. Invisibles aux yeux de ceux qui n'ont jamais vu la mort, les sombrals sont des chevaux ailés à l'aspect reptilien et à l'air quelque peu inquiétant. Harry, qui a assisté à la mort de Cédric, Luna qui a été témoin de la mort de sa mère et Neville qui a vu son grand-père mourir peuvent voir les Sombrals et aident les autres à les monter.
Une fois au ministère, ils se rendent au département des mystères, puis dans le hall des prophéties. Mais il n'y a personne. Ron repère au-dessous de l'une des innombrables sphères qui reposent sur les nombreuses étagères, une étiquette portant le nom de Harry. Harry prend alors la sphère de l'étagère. La voix de Lucius Malefoy résonne soudain dans la pénombre et des ombres s'avancent vers eux. Les mangemorts émergent de l'obscurité, pointant leur baguette vers Harry et ses amis. C'est alors que Harry apprend par Lucius Malefoy, que la sphère qu'il tient dans la main explique pourquoi Voldemort a tenté de l'assassiner 15 ans auparavant.
Harry tente de fuir et de sauver ses amis, mais les mangemorts réussissent à les mettre hors d'état de combattre. Harry et Neville restent seuls face à dix mangemorts. Au moment où ils sont pris au piège, Lupin, Sirius, Tonks, Shacklebolt et Maugrey font irruption dans la pièce et se livrent à une bataille contre les mangemorts. Au cours de cette bataille, Bellatrix Lestrange tue Sirius en le faisant basculer de l'autre côté du voile de la mort. Dans le chaos général, la sphère finit par se briser, mais personne ne peut entendre le contenu de la prophétie dans le vacarme ambiant. Dumbledore arrive à temps pour neutraliser les mangemorts mais Voldemort fait son apparition. Un duel oppose alors Voldemort et Dumbledore. Ce dernier sauve Harry et parvient à mettre en fuite Voldemort qui emmène Bellatrix Lestrange avec lui.
De retour à Poudlard dans le bureau de Dumbledore, Harry laisse éclater sa colère. Dumbledore lui révèle d'abord que "le sang de Lily Potter" constitue sa protection contre Voldemort et que le lieu où réside ce sang met Harry à l'abri s'il peut le considérer comme sa maison. Harry comprend alors pourquoi il doit retourner chez sa tante chaque été, cette dernière restant la seule personne vivante à partager le sang de sa mère. Ensuite, Dumbledore explique que Sibylle Trelawney a prononcé la prophétie devant lui lorsqu'elle est entrée en transe pendant son entretien d'embauche 16 ans plus tôt. Il en révèle le contenu par l'entremise de la pensine : « Celui qui a le pouvoir de vaincre le Seigneur des Ténèbres approche... il naîtra de ceux qui l'ont par trois fois défié, il sera né lorsque mourra le septième mois... et le Seigneur des Ténèbres le marquera comme son égal, mais il aura un pouvoir que le Seigneur des Ténèbres ignore... et l'un devra mourir de la main de l'autre car aucun ne peut vivre tant que l'autre survit... celui qui détient le pouvoir de vaincre le Seigneur des Ténèbres sera né lorsque mourra le septième mois ... ».
Dumbledore dit à Harry qu'un espion avait entendu la première moitié de cette prophétie et l'avait rapportée à Voldemort. Il lui explique que lorsque Harry a réussi à s'échapper une fois de plus après la résurrection de Voldemort, celui-ci a décidé d'entendre la partie manquante de la prophétie. Il est ainsi révélé que cette prophétie constitue l'arme qui était si convoitée par Voldemort.
Après les événements du ministère, Fudge reconnaît enfin le retour de Voldemort. Dumbledore retrouve son poste à Poudlard, et les Aurors concentrent leur lutte contre Celui-dont-on-ne-doit-pas-prononcer-le-nom. La deuxième guerre a commencé.