Le mâle choisit un site pour le nid sur une roche nue proche de l'anémone8. Parfois, il mordille les tentacules de l'anémone pour qu'elles se rétractent et il libère ainsi un lieu de ponte sous le disque de l'anémone9. Les anémones des fonds sableux n'offrent pas de surface propice à la ponte. A. polymnus résout ce problème en ramenant une surface adéquate de son territoire tels que des tests d'échinodermes, des coquilles de mollusques bivalves, des bouts de feuille de palmier, voire des canettes. Ce support de ponte peut ainsi être déplacé de plusieurs mètres jusqu'à l'anémone10.
Le site choisi est alors débarrassé de tous les éléments indésirables comme les algues et les débris par le mâle qui les picore9. Il est finalement rejoint par sa partenaire8 indiquant ainsi qu'elle est prête à pondre9. Le couple se secoue une fois le nettoyage terminé9.
l'année avec des moments de pic ; Dans les zones subtropicales ou tempérées chaudes, la reproduction se limite au printemps et à l'étéLa période des amours est généralement générique et ritualisée. Plusieurs jours avant la ponte, on observe une augmentation de l'activité sociale caractérisée par des courses poursuites, l'érection des nageoires et la préparation du nid8. Le mâle adopte un comportement de signal jumping, nage rapide de haut en bas pour attirer la femelle, que l'on retrouve chez d'autres Pomacentridés8. Il devient également plus agressif envers sa partenaire et s'exhibe immobile en face d'elle ou sur le côté, toutes nageoires déployées8. quand la température de l'eau est la plus haute.. Pour certaines populations, il semble également exister des liens entre la nidification et le cycle lunaire, la ponte intervenant à la pleine lune. Le claire de lunes permettrait de maintenir alerte le mâle qui assure la majorité de la surveillance du nid. De plus, comme les larves sont attirées par la lumière, le disque lunaire les regrouperait vers la surface, facilitant ainsi leur dispersion grâce aux vagues et aux courants marins8.