En 1878, les éleveurs allemands de chiens à aptitudes bergères réalisent une première tentative de regroupement dans un but d’amélioration de leurs chiens. Ceux-ci sont très variés d’un point de vue phénotypique, notamment selon les régions : par exemple, le type Wurtemberg porte les oreilles droites, alors que celui de Thuringe a les oreilles tombantes. Il existe également des chiens différents en Bavière ou dans la Hesse. Mais leur principal point commun est leur caractère qui fait d’eux de bons gardiens de troupeaux et de biens : intelligence, obéissance, vigilance, incorruptibilité. On retrouve également chez tous robustesse et rusticité puisque jusqu’alors la sélection empirique qui a été réalisée ne visait qu’à obtenir de bons livre généalogique et tentent d’établir une société, le Phylax, mais le projet n’aboutit pas.
C’est le capitaine de cavalerie Max Emil Frédéric von Stephanitz qui sera le véritable « père » de la race. Après avoir longtemps admiré les aptitudes des chiens de berger, il décide d’en acheter un le . Son nom d'origine est Hektor von Linksrhein qu’il rebaptisera ensuite Horand von Grafath. Celui-ci est gris et jaune, plutôt de type berger de Thuringe (mais à oreilles droites). Von Stephanitz et Arthur Meyer créent ensuite le club de race le à Karlsruhe (« Verein für deutsche Schäferhunde » ou SV), le capitaine sera à sa tête pendant trente-cinq ans.
Le est publié le premier standard de la race, et en 1900, Horand inaugure le livre des origines du SV (« Zuchtbuch »).
Ce qui fera plus tard la force de la race, c’est la largesse de ses dirigeants dans la première définition du berger allemand : « tout chien de berger vivant en Allemagne qui, grâce à un exercice constant de ses qualités de chien de berger, atteint la perfection de son corps et de son psychisme dans le cadre de sa fonction utilitaire ». Les buts sont clairs, c’est donc par et pour le travail que la sélection du berger allemand commence.
Le club présente rapidement une activité importante et organisée. Dès 1902 un journal est édité pour tous ses membres, et en 1903 un registre de sélection voit le jour avec la compilation des performances des reproducteurs. Les progrès seront rapides car bien dirigés à l’échelon national et bien suivis par les efforts des éleveurs (1 215 membres en 1906). On commence à rechercher des femelles du même type et à organiser des expositions pour uniformiser la race, et notamment une exposition nationale d’élevage qui permet à tous les éleveurs du pays de choisir des reproducteurs homogènes.
Peu à peu on trouva au berger allemand d’autres utilités que la garde des troupeaux (ceux-ci ayant vu leur effectif diminuer). Ses qualités de robustesse, son flair hors pair et son obéissance à toute épreuve encouragèrent la police allemande à l’utiliser. En 1914, le SV et l’armée organisent une démonstration des possibilités du berger allemand en temps de guerre, à laquelle il paya ensuite un lourd tribut.
Adolf Hitler a possédé un premier berger allemand nommé « Prinz » dès 1921. Cependant, durant ses années de difficultés économiques, il fut forcé d'envoyer le chien vivre ailleurs ; celui-ci s'échappa et rejoignit son maître. Hitler développa dès lors un grand respect pour cette race de chiens2. Il posséda par la suite une chienne berger allemand nommée Blondi qui lui fut offerte en 1941.
En 1922, l’examen de Körung3 est mis en place pour la sélection des reproducteurs ; ceux qui sont déclarés aptes à la reproduction sont inscrits dans le registre Körbuch. En 1926, le livre des origines compte déjà 346 000 chiens inscrits. Dans les années 1950, l’épreuve du coup de feu4 et le test de caractère font leur apparition. Le SV est renommé pour le dirigisme qu’il impose à l’élevage : nombre de saillies limité, choix de l’étalon en accord avec le surveillant d’élevage, interdiction de faire saillir une femelle recommandée par un mâle non recommandé, etc. Toutes ces mesures visent à guider la sélection pour le mieux.