Les préparatifs de la saison 2013-2014 démarrent assez tôt du côté des rouges et bleus. Dès le 22 février 2013, le club dévoile son nouveau logo qui sera inauguré à partir de la saison prochaine. Ce changement visuel s'expliquerait, selon Nasser Al-Khelaïfi, par la volonté de « faire du Paris Saint-Germain une des plus grandes marques mondiales de sport ».

Le 30 mai, à la suite des heurts survenus à la fin du match PSG – Valenciennes, la Commission de Discipline de la LFP juge coupable le directeur sportif Leonardo de « bousculade volontaire sur l'arbitre dans le couloir des vestiaires à l'issue de la rencontre », et décide de lui infliger une suspension de neuf mois ferme de banc de touche, de vestiaire d'arbitres et de toutes fonctions officielles. La commission décidera aussi de sanctionner le PSG d'un retrait de trois points avec sursis pour la saison 2013-2014. Le club jugeant cette décision comme « infondée et extrêmement sévère » décidera de faire appel. La sanction est alors alourdie par la commission supérieure d'appel de la Fédération française et passe ainsi de neuf à quatorze mois. Leonardo décide alors de quitter le club.

Lors de la remise des trophées de l'UNFP du football, le 19 mai, l'entraîneur Carlo Ancelotti annonce publiquement son intention de quitter le Paris Saint-Germain à la fin de la saison, malgré une dernière année de contrat restante. Cette décision se heurtera au refus des dirigeants parisiens de libérer le coach italien. S'ensuivra un long silence médiatique de la part des deux protagonistes, laissant la presse et les supporters parisiens spéculer sur l'issue du conflit et sur l'identité du futur entraîneur du Paris Saint-Germain. Après avoir approché des entraîneurs comme Arsène Wenger Guus Hiddink, Fabio Capello ou encore André Villas-Boas, le club parisien trouve un accord avec Laurent Blanc. Il est officialisé le 25 juin et signe un contrat de deux années, tandis qu'Ancelotti signe en faveur du Real Madrid le même jour. Blanc est présenté en compagnie du président le 27 juin. Il annonce notamment la venue de Jean-Louis Gasset comme entraîneur adjoint, et les objectifs qui sont de faire encore mieux que la saison précédente aussi bien qu'en termes de titre que de jeu.

David Beckham prend sa retraite sportive. Le match PSG-Brest du 18 mai, est alors l'occasion pour le joueur anglais de disputer le dernier match de sa carrière au Parc des Princes. Cette rencontre sera aussi l'occasion pour le club de dévoiler le maillot domicile de la saison 2013-2014. Le Stade rennais déclare avoir trouvé un accord avec Sylvain Armand. Après neuf saisons passées à Paris, Sylvain s'engage avec son nouveau club le 26 juin pour deux ans. Siaka Tiéné, arrivé au terme de son contrat, signe en faveur du Montpellier HSC pour deux ans. Loïck Landre est libéré de sa dernière année de contrat puis signe au RC Lens²⁴. Kevin Gameiro est transféré au Séville FC pour une somme de 8,5 millions d'euros. Diego Lugano est transféré gratuitement au club anglais de West Bromwich Albion.

Edison Cavani, l'attaquant argentin du SSC Naples meilleur buteur de Serie A la saison passée, rejoint Paris pour 5 ans et 63 millions d'euros. Il est suivi par deux jeunes défenseurs, le latéral gauche français du Lille OSC tout juste champion du monde des moins de 20 ans Lucas Digne pour 5 ans et 13 millions d'euros plus 2 en bonus, et l'arrière central brésilien de l'AS Rome Marquinhos pour 5 ans et 31,4 millions d'euros.

Le club officialise la signature de quatre jeunes joueurs issus de son centre de formation. Antoine Conte, Mike Maignan, Youssouf Sabaly, Hervin Ongenda et Jordan Ikoko se sont vus parapher leur premier contrat professionnel d'une durée de trois ans. Zoumana Camara, alors âgé de 34 ans, prolonge son contrat d'un an. Marco Verratti et Thiago Silva prolonge eux aussi leur contrat d'un an.

Le jeune attaquant Jean-Christophe Bahebeck est prêté sans option d'achat au Valenciennes FC pour une saison. Alphonse Areola est prêté au RC Lens, formation de Ligue 2 où il retrouve Antoine Kombouaré, l'ancien coach parisien qui lui avait fait signer son premier contrat pro en 2009. Jordan Ikoko est prêté à l'US Créteil-Lusitanos, club tout juste promu en Ligue 2 Antoine Conte est prêté au Stade de Reims. Clément Chantôme est quant à lui prêté au Toulouse FC.