A la saison des amours qui peut aller de décembre à septembre, la femelle pousse de petits cris aigus pour attirer le mâle, s’ensuit une course effrénée à travers les frondaisons des arbres, digne d’une poursuite à la Tex Avery! Ils s’accoupleront 1 ou 2 fois par an.
Le plus souvent, l'écureuil roux n'a qu'une seule portée par an de 3-4 petits, de mars à mai.
La maturité sexuelle est atteinte vers un an, à la fin de l'hiver, entre 10 - 12 mois (parfois 6 mois pour les mâles nés au printemps). Les copulations ont lieu de décembre à juillet, mais surtout de janvier à mars. Le mâle se met en chasse et entre dans le territoire des femelles. Celles-ci sont réceptives pendant 1 seul jour et, une fois fécondées, bannissent le mâle du nid. Seule la femelle s’occupe des petits : elle les transporte ailleurs en cas de dérangement.
On compte 1 à 2 portées annuelles. La gestation dure 38 jours environs (de 36 à 46 jours) et en général la mère met bas seulement 3 ou 4 petits (de deux à sept au maximum car elle possède 8 tétines). Ils sont sevrés à 7 à 10 semaines et indépendants à 10 à 16 semaines.
Les petits naissent dans le nid, aveugles et dépourvus de poils qui apparaissent au bout de deux semaines. Vers 9 semaines, leurs yeux s'ouvrent et les incisives sortent. C'est l'âge auquel ils commencent à quitter le nid, mais la mère reste vigilante et les prend dans sa gueule pour les mettre en sécurité au premier danger. Lors des premières sorties, divers signaux sonores permettent de garder le contact, ce qui n'empêche pas 80% des jeunes de mourir avant un an.
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