Le cobaye est un herbivore strict.

En captivité la base nutritionnelle du cochon d’inde est le foin de bonne qualité, essentiel pour les dents et aussi sa santé et un mélange de graines adapté à ses besoins.

Il doit avoir toujours à disposition de l'eau propre en abondance.

Il n'a que deux repas principaux: le petit déjeuner et le dîner mais il grignote quand même pendant la journée. Il aime manger à la même heure tous les jours et il a besoin de 40-70 grammes de nourriture fraiche.

Il mange aussi des aliments frais : plantes, légumes et fruits, dont on se sera assuré au préalable qu'ils ne sont pas toxiques ou susceptibles de provoquer des diarrhées dans des publications spécialisées.

Les produits frais sont en effet indispensables afin d'assurer un apport quotidien en vitamine C. Le cochon d'inde est un des rares rongeurs à ne pas stocker cette vitamine. Sans apport constant de vitamine C il souffrirait de problèmes de peau, du scorbut et pourrait s’affaiblir rapidement, être paralysé des pattes postérieures ou antérieures, avoir des problèmes digestifs graves et même mourir. À défaut d'une alimentation fraîche et équilibrée, il est nécessaire d'assurer un apport de vitamine C sous forme de complément alimentaire ou de gouttes.

Les pierres à lécher apporteront aussi un complément minéral utile.

Il existe des granulés pour cochons d'Inde et mélanges de graines tout préparés. On recommande de choisir des granulés tous semblables et enrichis en vitamine C pour équilibrer la ration alimentaire quotidienne, mais sans excès car l'animal a tendance à l'obésité.